Organizacje non-profit korzystają z oprogramowania CRM zaprojektowanego specjalnie do zarządzania relacjami z takimi podmiotami, jak darczyńcy, wolontariusze i członkowie. Oprogramowanie to pomaga w przyciąganiu i zatrzymywaniu osób chcących wesprzeć organizację finansowo lub w ramach wolontariatu. Zazwyczaj z tych narzędzi korzystają pracownicy organizacji non-profit zaangażowani w działania informacyjne, marketing, public relations lub pozyskiwanie funduszy. Menedżerowie korzystają z systemu CRM non-profit, aby ocenić skuteczność swoich strategii marketingowych i ocenić udział członków w różnych działaniach, w tym w wydarzeniach i działaniach związanych ze zbieraniem funduszy. Ponadto oprogramowanie to często integruje się z rozwiązaniami księgowymi i płatniczymi w celu monitorowania darowizn. Ważne jest również, aby CRM połączył się z innymi narzędziami non-profit, takimi jak platformy do zarządzania dotacjami lub pozyskiwania funduszy. Jeżeli w CRM nie uwzględniono funkcjonalności sprzedażowych i marketingowych, konieczna może być integracja z dodatkowymi rozwiązaniami.