非營利組織與企業的不同之處在於，非營利組織不以營利為目的銷售產品或服務。相反，他們的主要目標是為公眾、其成員或特定社區服務。圍繞免稅組織的法規需要專門的會計軟體。此非營利會計軟體旨在管理各種資金來源，例如贈款、捐贈和會員捐款。它確保財務透明度，使捐助者能夠了解其捐款的使用情況。此外，還需要提供具體報告以滿足撥款申請的合規標準。
QuickBooks Online
QuickBooks Online 是一款雲端會計與簿記應用程式，可管理收入支出、發票、帳單、銀行交易、財務報告與現金流，方便企業隨時查閱與協作。
Xero
Xero是一款基於雲的會計軟件，專為小型和中型企業提供工具來管理財務和會計流程。
NetSuite
NetSuite是一個雲端ERP平台，提供財務、人力資源、庫存管理和CRM等業務運營管理工具，適用於各種規模的企業。
ChurchTrac
ChurchTrac是一款教會管理軟件，提供會員管理、通訊、捐贈追踪等功能，幫助教會有效運營和增強社區參與。
Sage Intacct
Sage Intacct是一個雲端財務管理平台，提供多種會計應用，支援各行業的財務流程與報告，並提升企業管理效率。
Aplos
Aplos是一款雲端會計軟體，專為非營利和教會組織設計，提供財務管理、捐款跟蹤、活動管理等功能。
Membership Toolkit
會員工具包一款用於管理與溝通會員組織的應用，提供名錄、行事曆、內容、表單、商店、募款、付款及通知等功能，支援活動與志願者管理。
AccountsIQ
AccountsIQ是一款基於雲的會計軟件，簡化財務管理流程，支持自動化會計任務和集團會計。
Springly
Springly是全方位的非營利管理軟體，提供籌款、會計、網站建設等功能，幫助組織簡化日常管理。
Araize FastFund
Araize FastFund 是為非營利組織提供的雲端一體化系統，包含基金會計、籌款（CRM）與薪資處理，支援捐款、預算、報表與合規需求。