Phần mềm xử lý thanh toán cho phép doanh nghiệp xử lý nhiều loại thanh toán giữa doanh nghiệp với doanh nghiệp (B2B) một cách hiệu quả. Các công ty sử dụng phần mềm này để quản lý các khoản thanh toán đến từ khách hàng doanh nghiệp và các khoản thanh toán đi cho nhà cung cấp. Bất kỳ doanh nghiệp nào chấp nhận thanh toán không dùng tiền mặt đều có thể hưởng lợi từ việc sử dụng phần mềm xử lý thanh toán. Nó chủ yếu được sử dụng bởi đội ngũ kế toán để đảm bảo thanh toán kịp thời và giảm thiểu sai sót. Phần mềm này tích hợp với các cổng thanh toán, hệ thống kế toán và phần mềm tự động hóa tài khoản phải trả (AP). Ngoài ra, phần mềm xử lý thanh toán thường được kết hợp với nền tảng thương mại điện tử và hệ thống điểm bán lẻ (POS).