Các tổ chức phi lợi nhuận khác với các doanh nghiệp ở chỗ họ không bán sản phẩm hoặc dịch vụ để kiếm lời. Thay vào đó, mục đích chính của họ là phục vụ công chúng, thành viên của họ hoặc cộng đồng cụ thể. Các quy định xung quanh các tổ chức được miễn thuế đòi hỏi phải có phần mềm kế toán chuyên dụng. Phần mềm kế toán phi lợi nhuận này được thiết kế để quản lý các nguồn tài trợ khác nhau, chẳng hạn như trợ cấp, quyên góp và đóng góp của thành viên. Nó đảm bảo tính minh bạch tài chính, cho phép các nhà tài trợ thấy được những đóng góp của họ được sử dụng như thế nào. Ngoài ra, cần phải có báo cáo cụ thể để đáp ứng các tiêu chuẩn tuân thủ đối với các đơn xin trợ cấp.