Phần mềm hậu cần của bên thứ ba (3PL) xử lý các chức năng của chuỗi cung ứng thuê ngoài như vận chuyển và lưu kho. Đối với các công ty không có kho hoặc đội xe riêng, nhà cung cấp 3PL có thể thay mặt họ quản lý các dịch vụ này. Phần mềm này cho phép các nhà cung cấp 3PL lập kế hoạch, lên lịch và giám sát các hoạt động của chuỗi cung ứng cho khách hàng của họ, những người cũng có quyền truy cập vào hệ thống để đảm bảo tính minh bạch cao hơn. Trong khi một số giải pháp phần mềm 3PL được thiết kế riêng cho gia công phần mềm, những giải pháp khác có thể được sử dụng bởi cả nhà cung cấp 3PL và các công ty quản lý chuỗi cung ứng nội bộ của riêng họ. Được tích hợp trong bộ quản lý chuỗi cung ứng rộng hơn của công ty, phần mềm 3PL hoạt động cùng với hệ thống quản lý vận tải và quản lý kho hàng. Ngoài ra, với sự phát triển của thương mại điện tử, phần mềm 3PL ngày càng có nhu cầu tích hợp với các nền tảng thương mại điện tử.