ซอฟต์แวร์ประมวลผลการชำระเงินช่วยให้ธุรกิจสามารถจัดการการชำระเงินแบบธุรกิจกับธุรกิจ (B2B) ประเภทต่างๆ ได้อย่างมีประสิทธิภาพ บริษัทต่างๆ ใช้ซอฟต์แวร์นี้เพื่อจัดการการชำระเงินขาเข้าจากลูกค้าธุรกิจและการชำระเงินขาออกให้กับซัพพลายเออร์ ธุรกิจใดก็ตามที่รับการชำระเงินที่ไม่ใช่เงินสดจะได้รับประโยชน์จากการใช้ซอฟต์แวร์ประมวลผลการชำระเงิน โดยหลักแล้วทีมบัญชีจะใช้เพื่อให้แน่ใจว่าการชำระเงินตรงเวลาและลดข้อผิดพลาด ซอฟต์แวร์นี้ทำงานร่วมกับเกตเวย์การชำระเงิน ระบบบัญชี และซอฟต์แวร์อัตโนมัติด้านบัญชีเจ้าหนี้ (AP) นอกจากนี้ ซอฟต์แวร์ประมวลผลการชำระเงินมักจะจับคู่กับแพลตฟอร์มอีคอมเมิร์ซและระบบจุดขาย (POS) ของร้านค้าปลีก