Mjukvara för betalningshantering gör det möjligt för företag att hantera olika typer av företag-till-företag-betalningar (B2B) effektivt. Företag använder denna programvara för att hantera inkommande betalningar från företagskunder och utgående betalningar till leverantörer. Alla företag som accepterar icke-kontanta betalningar kan dra nytta av att använda programvara för betalningsbearbetning. Det används främst av redovisningsteam för att säkerställa snabba betalningar och minimera fel. Denna programvara integreras med betalningsgateways, redovisningssystem och automatiseringsprogram för leverantörsreskontra (AP). Dessutom är programvara för betalningsbearbetning ofta ihopkopplad med e-handelsplattformar och POS-system.